서남대 의대 폐과 이후 의대 정원 49명의 처리는 보건복지부와 교육부가 협의해 결정한다. 호남 지역 대학들은 서남대 의대 정원을 흡수하려 하고 있다. 특히 목포대와 순천대 등이 “의대가 없는 전남에 의대를 설립해야 한다”며 유치에 적극적이다. 순천이 지역구인 이정현 새누리당 의원과 목포가 지역구인 박지원 국민의당 의원이 의대 유치를 공론화한 바 있어 서남대 의대가 폐과되면 유치전이 현실화할 가능성이 크다. 다만 복지부는 서남대 의대 정원을 기존 국립대에 주는 방안에 대해 부정적이다. 복지부 관계자는 “의료 취약지에서 근무하는 의료인을 선발하기 위한 별도의 국립보건의료대 신설을 검토하고 있다”고 말했다.